Sercem życia duchowego klasztoru były dwa kościoły: północny, wybudowany z piaskowca i cegły wypalanej, oraz południowy, wzniesiony z cegły suszonej. Północny kościół powstał pomiędzy 680 r. a 720 r. i był pierwotną świątynią klasztorną.
Jest to typowy trójnawowy kościół. W jego zachodniej części znajduje się klatka schodowa prowadząca na dach, z kolei we wschodniej mieściło się sanktuarium, najświętsze miejsce w kościele, z ołtarzem i ławą dla kleru. Sanktuarium odgrodzone było od wiernych przegrodą ołtarzową. Oryginalnie nawy oddzielono granitowymi kolumnami, które następnie zastąpiono podtrzymującymi centralną kopułę filarami z wypalonej cegły.
Wewnętrzne ściany kościoła były pokryte malowanym tynkiem. Po malowidłach tej świątyni zachowały się tylko szczątkowe ślady, przez co w rekonstrukcji widać jedynie białe ściany. Na podstawie przykładów z innych kościołów nubijskich wiadomo jednak, że ze ścian powinni spoglądać liczni święci. Ściany zewnętrzne pokrywają wyryte graffiti pozostawione przez mieszkańców i osoby odwiedzające klasztor.
Południowy kościół został najprawdopodobniej wybudowany jako tymczasowe miejsce kultu, funkcjonujące podczas przebudowy głównego kościoła około 1000 r.
Kościół północny
Kościół południowy
